Rでフィッシャーの正確確率検定そのまま使える自作関数例

独立性の検定を行うときに、データ数が少ないときや0になるセルがあるときは、カイ二乗検定のカイ二乗分布への近似が不正確になる場合があります。そういうときに使うのが、フィッシャーの正確確率検定です。Rでのカイ二乗検定はこちら→Rで独立性のカイ二乗検定そのまま使える自作関数

今回は、R言語でフィッシャーの正確確率検定を行なって、その結果をcsvファイルに出力する自作関数を作りましたので、お役立ていただければと思います。

プログラム

fisher_fun <- function(data,filename)
{
ans <- fisher.test(data)
p_value <- ans[1]
odds_low <- ans$conf.int[1]
odds_high <- ans$conf.int[2]
oddsrate <- ans[3]
N <- data[1]+data[2]+data[3]+data[4]
result = cbind(data,p_value,odds_low,odds_high,oddsratio,N)
result[2:nrow(result),c(3:7)]=“”
write.table(matrix(c(“”,colnames(result)),nrow=1),filename,append=T,quote=F,sep=“,”,row.names=F,col.names=F)
write.table(result,filename,append=T,quote=F,sep=“,”,row.names=T,col.names=F)
write.table(“”,filename,append=T,quote=F,sep=“,”,row.names=F,col.names=F)
}